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1、化学结构的区别
ASO是单链，而siRNA是双链。
2、作用机造的区别
ASO或通过RNase H降解靶mRNA，或通过空间位阻滋扰mRNA职能，siRNA则重要通过RISC复合体降解mRNA。
3、阐扬药效的细胞空间
RNase H在胞质和胞核中均有散布，因而ASO能够在胞质和胞核中阐扬作用。然而，RISC仅存在于胞质中，故siRNA仅在胞质中阐扬作用。
4、药效作用悠久性以及是否能够放大
RISC可反复作用于靶标mRNA，因而siRNA的药效更为悠久。
此表，siRNA的正义链在被开释或降解后，可作为引物，在RNA依赖的RNA聚合酶的催化下，以靶mRNA为模板扩增得到dsRNA。dsRNA随后被Dicer降解成新的siRNA，进入RNA滋扰循环，从而实现药物成效的级联放大。
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